Руководство Институтом осуществляют   Учёный Совет и   Директор.

Основные научные подразделения:

  Отдел науки и инноваций
  Отдел глобальных экономических проблем и внешнеэкономической политики
  Отдел экономической теории
  Сектор прогнозирования мировой экономики
  Отдел международных рынков капитала
  Центр промышленных и инвестиционных исследований
  Центр энергетических исследований
  Центр по изучению переходной экономики
  Центр по исследованию агробизнеса
  Группа анализа ценообразования, инфляции и налогообложения
  Сектор экономического моделирования
  Отдел международно-политических проблем
  Сектор теории политики
  Центр международной безопасности
  Центр североамериканских исследований
  Центр европейских исследований
  Отдел европейских политических исследований
  Центр азиатско-тихоокеанских исследований
  Сектор "Россия и новые государства Евразии" (редакция журнала)
  Центр проблем развития и модернизации
  Центр сравнительных социально-экономических и социально-политических исследований

Обеспечивающие подразделения:

  Сектор планирования и организации научных исследований
  Отдел информационного обеспечения научных исследований
  Отдел международных научных связей
  Отдел аспирантуры и докторантуры